В конце IXX века численность этого вида нерпы составляла более миллиона особей, в настоящее время она сократилась, по разным оценкам, более чем в 4-10 раз. Каспийскому тюленю Международным союзом охраны природы присвоена категория «вымирающий вид» (EN), а с недавнего времени он включен в Красные книги Республики Дагестан (апрель 2019 г.) и Российской Федерации (апрель 2020 г.).  Однако на настоящий момент государственная стратегия сохранения этого вида отсутствует и численность популяции продолжает сокращаться, ведь только вчера Каспийский тюлень в России считался промысловым видом и его общий допустимый улов (ОДУ) утверждался ежегодно.

Сохранение находящегося под угрозой исчезновения Каспийского тюленя – комплексная задача, решение которой требует проведения срочных природоохранных мероприятий на национальном и межправительственном уровне пяти прикаспийских стран. Так, в 2006 г. вступила в силу Рамочная конвенция по защите морской среды Каспийского моря (Тегеранская конвенция), целью которой является защита морской среды Каспийского моря от загрязнения, включая защиту, сохранение, восстановление, устойчивое и рациональное использование его биологических ресурсов. Документ, на подготовку которого ушло 8 лет, отразил усилия пяти государств по достижению согласия в региональных действиях по защите хрупкой экосистемы Каспийского моря.

Ещё одним важным международным инструментом охраны экосистемы Каспийского моря является Соглашение о сохранении и рациональном использовании водных биологических ресурсов Каспийского моря, подписанное всеми прикаспийскими государствами в г. Астрахани (Российская Федерации) в сентябре 2014 г. Для достижения целей Соглашения была создана специальная межведомственная Комиссия, которая в том числе координирует деятельность по сохранению, рациональному использованию водных биологических ресурсов и управлению их совместными запасами, определяет общие допустимые уловы и распределяет их на национальные квоты, регулирует промысел, утверждает правила рыболовства, утверждает и координирует согласованные программы научно-исследовательских работ и др. Эта комиссия – единственный действующий механизм по управлению водными биоресурсами Каспийского моря, ее решения реализуются на уровне соответствующих рыбохозяйственных ведомств.

Российские и зарубежные специалисты отмечают ряд причин уменьшения численности и деградации популяции уникального Каспийского тюленя: чрезмерный промысел, гибель животных при нелегальном лове осетровых и прямая добыча тюленей с целью реализации дериватов на нелегальном рынке. Отрицательную роль играет загрязнение Каспия и, как следствие, биоаккумуляция тюленями токсикантов и развивающиеся на ее фоне нарушения яловость, патоморфологические нарушения внутренних органов, иммунодепрессия, подверженность паразитарным и другим заболеваниям.

Так, тюленебойный промысел с середины IXX века до второй половины XX века велся с высокой интенсивностью, без ограничений по объему добычи. Охота на тюленей ради получения жира и изготовления меховых и кожаных изделий ведется и сейчас. Но основной критической угрозой для популяции является прилов при незаконном рыбном промысле - животные гибнут, запутавшись в сетях, и от травм, нанесенных орудиями рыбного лова.

Массовая гибель тюленей за последние более чем полвека по техногенным и неустановленным причинам наблюдалась неоднократно. За это время суммарно была зафиксирована гибель порядка 130 тыс. особей. В большинстве случаев причины так и не были установлены. Только специальная правительственная комиссия, обследовавшая районы выбросов животных 1968 года, пришла к заключению, что смерть наступила от проведенной в море сейсморазведки.

В апреле-июне 2000 г. произошла массовая гибель Каспийского тюленя от эпизоотии. В общей сложности на острова Северного Каспия и береговую полосу Казахстана, России (Дагестан) и Азербайджана было выброшено около 25-30 тыс. особей. В результате иммунологического анализа у 75 % животных выявлены патологические изменения в иммунной системе. Бактериологический анализ показал 100 % инфицирование паренхиматозных органов. Основной причиной элиминации тюленей, по мнению некоторых исследователей, была чума плотоядных. Токсикологический анализ свидетельствовал о хроническом токсикозе животных, ослабившем иммунитет и спровоцировавшем заболевания. По экспертному мнению кумулятивное действие нефтяного и пестицидного загрязнения - было наиболее вероятной причиной этого токсикоза.

Каспийский тюлень крайне чувствителен к воздействию загрязнителей, включая нефть и нефтепродукты, интенсивное загрязнение которыми наблюдается начиная с середины XX века. Накопление в органах и тканях тюленей токсических веществ классифицируется как кумулятивный политоксикоз, протекающий в хронической форме. По мнению ученых, получая дозу антропогенного токсиканта, тюлени погибают не сразу. Их гибель в виде «естественной» смертности отмечается в последующие годы. Нефтяной промысел на Каспийском море является также одной из основных причин исчезновение и загрязнение мест обитания Каспийского тюленя, как и загрязнение вод отходами в ходе промышленного и сельскохозяйственного производств.

Эксперты отмечают и другие факторы, угрожающих благополучию популяции: перевылов объектов питания (рыбы); распространение инвазивных видов; деградация / утрата местообитаний тех видов рыб, которые составляют основу питания тюленей; глобальное изменение климата, вызывающее сокращение ледовых полей (мест размножения тюленей) и чрезмерный нагрев поверхностных вод моря летом. Эти и другие причины требуют дополнительного глубокого анализа с целью разработки научно обоснованных рекомендаций по совершенствованию охраны этого вида.